Né le 21 mai 1943, Jean-Claude Fournier est originaire de Saint-Quay-Portrieux où il a vécu son enfance et où il a réinstallé son studio depuis 1987.
Études secondaires au Lycée Henri Avril de Lamballe puis trois années d'études supérieures à Paris en vue d'obtenir le professorat de dessin. Simultanément, il suit les cours de l'École d'Art Dramatique Ch. Dullin. La bande dessinée lui apparaît comme la synthèse de ses deux passions, le dessin et le théâtre, et il crée le personnage de BIZU pour le journal de SPIROU (1967). Il se voit très vite confier par l'éditeur DUPUIS le scénario et le dessin des aventures de "Spirou et Fantasio" qu'il animera de 1968 à 1981 et dont il réalisera neuf albums (n° 20 à 29, sauf le 24), dont L'Ankou qui se déroule entièrement dans les Monts d'Arrée. Il est à noter que cette aventure de Spirou a été éditée en breton.
Parallèlement, de la même façon que son maître Franquin l'a reçu chez lui et lui a offert des heures et des heures de son temps pour l'aider à devenir auteur, il reçoit dans son atelier de Rennes de nombreux jeunes passionnés de bande dessinée qui deviendront à leur tour des professionnels, et qui ont pour nom Blesteau, Hiettre, Gégé, Malo Louarn, Emmanuel Lepage, Lucien Rollin, Michel Plessix, lesquels passeront le flambeau à d'autre jeunes, alimentant ainsi la belle histoire de la florissante BD bretonne dont on dit qu'elle est née dans l'atelier de Fournier. L'album des aventures de Spirou, Le Gri-gri du Niokolo-Koba, remporte un vif succès singulièrement au Sénégal où Fournier est convié à trois reprises pour venir animer des stages de BD pour les enseignants, les étudiants et les formateurs en pédagogie. Il se fait d'ailleurs peu à peu une spécialité de l'Afrique, puisque invité à un Festival en Côte d'Ivoire (automne 2003), il y met sur pied et anime des ateliers scolaires.
Il abandonne Spirou en 1981, Fournier souhaitait réaliser une dixième histoire de Spirou et Fantasio intitulée La Maison dans la mousse. Le scénario était achevé et les premières planches dessinées. Toutefois les éditions Dupuis décidèrent qu'il était temps pour Fournier de passer la main.
L'année suivante, il participe à la création du festival Quai des Bulles
Après une période de flottement, Fournier retourne à sa propre création, Bizu, dont il signe désormais des histoires longues, publiées par Fleurus sous la forme de deux albums sortis en 1986. Puis les éditions Dupuis lui proposent de reprendre le personnage. Quatre albums supplémentaires sortiront entre 1990 et 1994. Puis l'auteur s'investit dans le festival Quai des Bulles, qui le récompense d'ailleurs en 1990. Il signe plusieurs illustrations pour l'évènement, dont l'affiche de l'édition de 1991. Quai des Bulles devient le plus second gros festival de la bande dessinée en France derrière le Festival international de la bande dessinée d'Angoulême.
Entre 1998 et 2003, Fournier dessine la série humoristique Les Crannibales, sur les scénarios de Zidrou. La série marque le grand retour du dessinateur dans le journal de Spirou, et huit albums sont édités par Dupuis.
En 2008, à l'âge de 65 ans, l'auteur change radicalement de style et adopte un dessin réaliste, en couleurs directes, pour signer le diptyque Les Chevaux du vent, avec Christian Lax au scénario, toujours chez Dupuis, mais dans la prestigieuse collection Aire libre. Les critiques saluent cette histoire émouvante d'une famille népalaise 2,3, dont le second tome est publié en 2012.
En 2013, Joub (textes) et Nicoby (dessins) consacrent à Fournier et à sa carrière un album de bande dessinée, Dans l'atelier de Fournier, publié chez Dupuis. La même année, l'éditeur de Marcinelle entame la publication d'une intégrale Bizu, en trois volumes.
En 2014, l'auteur est fait chevalier des Arts et des Lettres.
Trois ans plus tard, alors qu'il franchit ses 50 ans de carrière, il dévoile le premier tome d'un nouveau diptyque dessiné en style semi-réaliste, Plus Près de Toi, en collaboration avec le scénariste brestois Kris. Les critiques saluent cette histoire racontant la détention des prisonniers de guerre sénégalais dans des camps de travail bretons durant la seconde guerre mondiale. L’album est sélectionné au festival d’Angoulême 2022.